No início do século 20, fazia-se sentir no Rio Grande do Sul, a necessidade de um espaço para as pessoas vocacionadas brasileiras se realizarem dedicando suas vidas como Consagradas na à Vida Religiosa.

Em 1927, elas se sentiram decididas vocacionalmente e inspiradas a começar a experiência da Consagração como Religiosas em um novo Instituto que atendesse aos anseios e necessidades da juventude brasileira. Manifestaram este ideal ao francicano-capuchinho, Frei Pacífico de Bellevaux, um dos missionários franceses radicado no Estado desde 1900. Ele o acolheu benevolente e encaminhou-as a quem de direito.

Aos 24 de junho, em 1928, o Arcebispo de Porto Alegre instituiu a nova Congregação brasileira com espírito franciscano’. Para garantir-lhe o Carisma e a espiritualidade franciscanos, a direção foi dada, pelo Arcebispo, a Frei Pacífico. As Irmãs Franciscanas de Nossa Senhora Aparecida tornaram-se, então, a primeira Congregação Brasileira fundada no Estado. Em 1947, o Vaticano outorgou-lhe o reconhecimento em caráter diocesano. O reconhecimento do Direito Pontifício foi dado no Pontificado de João Paulo II, em dezembro de 1982.

Atualmente, as Irmãs Franciscanas de Nossa Senhora Aparecida estão presentes e exercem a missão pelo Brasil nos Estados do Rio Grande do Sul, Santa Catarina, MT, MS, AM. A Bolívia e Guiné Bissau, na África Ocidental, recebem há décadas Betânias da Congregação. 

A Sede Geral situa-se em Porto Alegre, no bairro Santo Antônio. 

Em grupos regionalizados, Guiné Bissau, Bolívia, Região Centro-Oeste do Brasil, em Manaus/AM e em Porto Alegre estão e se preparam grupos de promissoras jovens que querem viver a forma de vida franciscana-aparecida.